我校于1980年首次招收硕士研究生；1997年设立研究生处，独立负责研究生教育与管理工作；2002年成立研究生党总支，2006年成立研究生学院和研究生学院党总支，与研究生处合署办公，负责研究生招生、培养、学位、学工等全流程管理工作；2010年成立研究生学院党委，2015年更名为研究生部党委；2013年首次获批博士学位授权点，标志我校研究生教育工作步入历史新阶段。研究生部现有教职工12人。下设学科办、研招办、培养办、学位办、办公室5个科室，承担我校学科建设与研究生教育工作。

现有博士学位授权一级学科2个（基础医学、材料科学与工程），硕士学位授权一级学科14个，硕士学位授权二级学科1个，硕士专业学位授权类别16个；ESI全球排名前1%学科1个（临床医学）。

现已建成“北药与功能食品”和“口腔生物医学材料研发及个性化制造”2个省级“双一流”特色学科及学科支撑平台；获批“新型生物医用口腔种植体及配套装备研发”省级“头雁”团队，“营养膳食防治痛风及高尿酸血症研究创新团队”省级“春雁”团队；搭建完成省级专业技术领军人才梯队1个，市级专业技术领军人才梯队5个，“东极”学术团队17个。

学校在省内率先成立交叉学科研究院并获批黑龙江省高校学科交叉中心（试点）建设单位及研究生课程思政教学研究中心；现建有省级产教融合工作站39个，科技小院16个、集群2个，成功实现我校学位授予点省级研究生产教融合工作站全覆盖；获批国家研究生数智教育平台在线开放课程1门、省级研究生课程思政课程高质量建设项目37项、黑龙江省研究生精品课程高质量建设项目12项、黑龙江省卓越研究生培养高质量建设项目1项。

截至2026年6月，我校拥有全日制博士研究生175人、硕士研究生3284人，全日制在校研究生总数3459人。